Fils d’un officier, né le 9 avril 1928 dans le département de Fukui, il quitte la carrière militaire pour l’art. Ses premières créations sont caractérisées par une esthétique minimaliste et satirique, qui découle de sa fascination pour le caricaturiste Taizo Yokoyama. Son premier album de dessins humoristiques est publié en 1958, ce qui lui vaut une reconnaissance publique. Plongé dans l’animation en autodidacte, Yoji Kuri s’inspire des films du Canadien Norman McLaren. Selon le journal français Le Monde, son premier film, Fashion (1960), marque le commencement d’une carrière riche, avec près de 1000 films réalisés, même s’il a affirmé avoir réalisé un total exagéré de 3000 œuvres.
Le style qu’il développe est un mélange de caricatures grivoises, de minimalisme graphique et d’érotisme poétique. Il crée son studio indépendant en 1961, où il réalise une grande partie de ses courts-métrages, tels que Zoo humain (1962), Love (1964), et Au Fou! (1967). La reconnaissance internationale de ses œuvres lui est apportée, notamment au Festival d’Annecy, où il reçoit une mention spéciale en 1963 et un prix pour l’ensemble de sa carrière en 1993. Le Japonais, en plus de l’animation, a travaillé dans la peinture, la sculpture et la bande dessinée. Crazy Manga est récompensé par le Grand Prix de l’Association des auteurs de bande dessinée japonais en 2017.
A noter aussi qu’il est le premier Japonais à être membre du conseil d’administration de l’Association internationale du film d’animation (Asifa).